В единстве клонов их сила! Война бушует по всей галактике, армия клонов Республики стремится к победе над сепаратистскими силами зла. Храбрость, мужество и единство - вот залог победы на полях сражений и в космосе. Для клонов все начинается на планете Камино, где Генерал джедаев Шаак Ти совместно с наемниками проводит их подготовку. Прежде чем отправиться на войну курсанты проходят интенсивную физическую и психологическую подготовку чтобы стать совершенными солдатами.
Пятеро клонов в упрямой борьбе завершают свое обучение на Камино, эти курсанты - Шутник, Силач, Хеви, Пятерня и Эхо - кажется из "бракованной партии", и не в состоянии работать как одна команда. Пока Шаак Ти и инструкторы строевой подготовки Брик и Эль-Лес обсуждают дальнейшую судьбу курсантов, клоны учатся работать вместе и готовятся принять свою судьбу в качестве солдат.
Сепаратисты атакуют! После уничтожения аванпоста Республики на луне Риши, генерал Гривус и Асажж Вентресс планируют нападение на планету Камино, где находятся заводы по производству клонов. Между тем, на борту крейсера джедаев, рыцари-джедаи Анакин Скайуокер и Оби-Ван Кеноби изучают перехваченное сообщение генерала Гривуса.
Республика узнает о предстоящем сепаратистском нападении на Камино, Анакин и Оби-Ван спешат на планету. После отражения Республикой диверсионных нападений сепаратистов, начинается настоящая атака. Асажж Вентресс, генерал Гривус и армии дроидов поднимаются из океана, стремясь завладеть образцом ДНК и уничтоженить производство клонов на Камино. Рекс, Коди, Пятерня и Эхо возглавляют клонов в отчаянной попытке защитить их родную планету.
Мир в осаде! Сепаратисты начали массированное наступление против планеты Рилот. Блокада из смертоносных линкоров перекрыла любую поддержку для обороняющихся республиканцев. Загнанный в ловушку на поверхности, мастер-джедай Ди сплачивает местные силы с помощью Хана Синдуллы. Отчаянно пытаясь спасти их, Совет джедаев отправляет сенатор Бейла Органу и представителя Джа Джа Бинкса на планету Тайдария, где они хотят убедить нейтрального короля Катунку отправить помощь Рилоту. Бейл и Джа-Джа должны убедить тайдарианцев, что их дело правое - пока не стало слишком поздно. Посланник Торговой федерации Лотт Дод пытается предотвратить поставку помощи от тайдарианцев и требует от них соблюдать нейтралитет. Катунку следует своей совести и тайно помогает Республике, и это Джа Джа, со своим неповторимым умением отвлекаться, старается сохранить в тайне от агентов Торговой Федерации.
Пантора в опасности! Вновь избранный председатель Панторы барон Папаноида, попал в смертельные политические игры. Торговая Федерация блокировала Пантору и приостановила всю торговлю с системой. Изолированный от остальной Республики народ Панторы начинает акции протеста против Сената, который, по их мнению, не воспринял их бедственного положения. Что еще хуже, граф Дуку выступил с предложением помощи если Пантора присоединится к альянсу сепаратистов. Председатель Папаноида направил сенатора Чучи на Корусант с надеждой, что она сможет убедить Сенат действовать в пользу Панторы до того как Лотт Дод сможет узаконить блокаду.
Чи Икуэй и Че Аманва, дочери председателя Папаноида, похищены с целью получения выкупа. Ахсока Тано объединяется с сенатором от Панторы, Рио Чучи, чтобы помочь новому председателю восоединить его семью до того как Торговая Федерация будет чрезмерно влиять на будущее планеты. Председатель и его сын Ион, выследили похитителя Гридо на Татуине и спасли Че Аманваe. Между тем, Ахсока и Чучи нашли Чи Икуэй, содержащуюся в плену на борту линкора Торговой Федерации блокирующего Пантору, и разоблачили офицера Торговой Федерации Сиба Канэй как заговорщика сепаратистов.
Отчаянные времена на Мандалоре! Выиграв нейтралитет для Мандалорской системы, герцогиня Сатин теперь считает себя неспособной чем-то еще помочь своему народу. Продукты невозможно найти, кроме как на черном рынке. Как результат, первые лица системы погрязают в коррупции. В надежде снизить рост напряженности в столице Сундари, Сатин попросила своего друга Падме Амидалу, посетить их с дипломатическим визитом. Падме отправляется с дипломатической миссией на Мандалор, чтобы гарантировать пацифистской планете полную защиту Республики, но она и герцогиня Сатин вскоре обнаруживают, что что-то зловещее скрывается под безмятежным фасадом планеты.
Контрабандист Муган занимается тайными поставками, в том числе и бутылок с чаем, предназначенных для Мандалорских школ. Чтобы увеличить свои прибыли, они разбавили чай опасными химическими веществами.
Мир в кризисе! Мирная планета Мандалор задыхается в тисках коррупции. Из-за дефицита продуктов, граждане вынуждены покупать их на черном рынке, чтобы выжить. Отчаянно пытаясь помочь своим людям, герцогиня Сатин попросила подругу Падме Амидалу, поговорить с Советом Джедаев надеясь, что они помогут спасти их мир.
Ахсока назначена преподавать уроки мастерства в Академии Лидерства на Мандалоре. Вскоре после того как она приступает, племянник герцогини Сатин - Корки и его одноклассники раскрывают гнусный заговор. Премьер-министр Алмек оказался активным участником заговора и черного рынка Мандалора, и теперь он пытается избавиться от герцогини Сатин и курсантов, прежде чем они раскроют всем его причастность к коррупции.
Преступники схвачены! Мастер-джедай Пло Кун и падаван Асока Тано успешно сорвали покушение на Мейса Винду, убив при этом наемницу Аурру Синг. С того времени молодая Асока окрепла и теперь, после многих невероятных приключений вместе со своим наставником, джедаи возвращаются в храм на Корусант, чтобы получить свои следующие задания. Асока Тано, которой поручено защищать сенатора Падме Амидалу в политической миссии на Альдераане, страдает от повторяющихся видений недавно погибшей наемницы Аурры Синг (видения Асоки имеют эффект искаженного будущего, также как видения Анакина в Звездных войнах: Эпизод III: Месть Ситхов). Асока не может очистить свое сознание и беспокоится, что внутренний конфликт добрался и до нее, пока ее видения действительно не оказались пророческими. Падме едва избегает смерти, когда Аурра Синг попыталась убить ее. Падме и Асока заманивают наемницу в ловушку, и Асока обнаруживает истинного злодея стоящего за заговором с целью убить Падме - заключенного гангстера Зиро Хатта.
Коварные планы! Пока Совет джедаев сосредоточен на войне, уголовные умы не остановливаются ни перед чем, чтобы посеять страх и коррупцию. Галактический гангстер Джабба Хатт послал наемника Када Бэйна на гнусную миссию, которая должна нанести удар в самое сердце Республики. Между тем, у ничего не подозревающих граждан Корусанта идет повседневная жизнь.
В середине рутинной поездки за покупками на Корусант, C-3PO похищен наемником Кадом Бэйном. Бэйн ищет информацию о здании Сената, но C-3PO лишен полезной информации, тогда Бейн и его сообщники похищают R2-D2 и извлекают важные данные, после чего, стерев у дроидов память о происшествии, позволяют им уйти. Схема этажей и детали безопасности здания Сената нужны семье Хатта, чтобы освободить своего заключенного брата Зиро Хатта, который владеет потенциально опасной информацией о деятельности Хаттов.
Грандиозный побег! Кад Бэйн и его пресловутая команда наемников освободили Зиро Хатта из тюрьмы Республики после захвата заложников в Галактическом Сенате. Совет джедаев назначил Оби-Ван Кеноби, разыскать Зиро Хатта с помощью рыцаря-джедая Куинлана Воса. Неизвестный джедай находит Зиро в тисках пяти семей Хаттов на далекий мире Нал Хатта.
Кад Бейн вытащил Зиро Хатта из тюрьмы и теперь совет Хаттов требует, чтобы Зиро рассказал где он спрятал компрометирующую информацию: журнал подробной преступной деятельности пяти семей Хаттов. Зиро совершает еще один дерзкий побег с помощью его бывшей любовницы Си Снути. Бэйн вернулся на след Хатта, но он не единственный. Джедаям Оби-Ван Кеноби и Куинлан Восу нужно найти его тоже.
Когда в Сенате начинается обсуждение законопроекта, который позволит устранить правительственный надзор за деятельностью клана банкиров, Падме и Асока в тайне отправляются в столицу Конфедерации независимых систем, в целях достижения мирного соглашения с сепаратистами.
На передовых позициях межгалактической войны Добра и Зла — снова любимые герои: Анакин Скайуокер, Оби-Ван Кеноби и Падме Амидала, а также присоединившийся к ним падаван Анакина, Асока. Противостоящие им злодеи — Палпатин, граф Дуку и генерал Гривус — вынашивают план захвата Галактики. Великая Армия Республики, ведомая Йодой, Мейсом Винду, Оби-Ваном Кеноби и другими рыцарями-джедаями, сражается против Новой Армии Дроидов сепаратистов.
Начинается последняя схватка, и судьбы Вселенной вверены рыцарям-джедаям. Их подвиги станут самыми яркими эпизодами масштабных битв и подарят множество удивительных открытий.
Обеспокоеный растущей силой Асаж Вентрес, Дарт Сидиум приказывает графу Дуку избавится от нее. Но Вентрес выживает и клянется отомстить, заручившись поддержкой своих родственников мистических Ночных Систер.
Матушка Тальзин лидер ведьм, делает Асаж и ее сестер невидимыми и они проникают во дворец графа Дуку. Они терпят неудачу, используя световые мечи они заставляют графа Дуку поверить что на него напали джедай. Заинтересовавшись в защите, Дуку просит нового ученика у матушки Талзин.
После нападения ночных систем. граф Дуку начинает искать замену Вентрес, но она и ее родственики решили воспользоватся этим чтобы отомстить. Вентрес отправляется на другую сторону планеты в поисках самого кровожадного и сильного война.
Анакина и Оби-Вана отправляются на поиски таинственного воина убившего нескольких джедаев, вскоре они нападают на след монстра, которого создала Вентресс, того кто прошел обучение силе ситхов у Дуку. Граф Дуку посылает Опреса на Тайдарию с заданием захватить короля Катунку и обязательно живым, но в ходе сражения с джедаями он убивает короля. Опресс возвращается на корабль Дуку, провалив задание своего учителя, тем самым вызвав его гнев. Этим пользуется Вентресс и они вместе с Саваж нападают на Дуку. Однако вскоре и Дуку и Вентресс понимают, что их новый ученик имеет собственные намерения.
После нападения ночных систем. граф Дуку начинает искать замену Вентрес, но она и ее родственики решили воспользоватся этим чтобы отомстить. Вентрес отправляется на другую сторону планеты в поисках самого кровожадного и сильного война.
Таинственная сила приводит Анакина, Оби-Вана и Асоку на далекую планету, где живет семья обладающая исключительно мощным уровнем силы, пытаются определить является ли Анакин действительно избранным. Патриарх этого семейства, известный только как Отец, провел много лет в поддержании баланса между своей Дочерью, которая сильна светлой стороной Силы, и своим Сыном, который силен с темной. Отец говорит, что его дни сочтены и просит Анакина занять его место в качестве опоры этого баланса. Серия тестов доказывает, что Анакин способен удержать детей, как это делает их отец, но Скайуокер отказывается занять место Отца.
Джедай вынуждены остаться на Мартисе, Сын пытается переманить Энакина на темную сторону, Энакина беспокоят его видео и Сын предлагает ему силу что бы предотвратить его судьбу. Отец признает что сын нарушил правила времени. Он избавляет Энакина от видений, и крадет кинжал Мортиса что бы положить конец этому безумству. Отец пронзает себя кинжалом, Сын потрясен этим. Энакин наносит пронзающий удар ему в спину.