Магистр Йода и три клона направляются на секретные переговоры в систему Тойдария, однако сепаратисты узнают об их планах и атакуют республиканский транспорт. Тем не менее Йоде удается высадиться на луну в спасательной капсуле. Там они сталкиваются с батальоном дроидов и новой ученицой графа Дуку Асажж Вентресс.
Флот клонов терпит неудачи. Неожиданно десять кораблей погибают — никто не остается в живых. Ходят слухи о секретном оружии сепаратистов. Совет Джедаев посылает магистра Пло Куна для расследования. Он сталкивается с флагманом генерала Гривуса, оснащенным новым секретным оружием, выводящим из строя все электронные системы корабля. Гривус приказывает уничтожить всех выживших, чтобы сохранить секретность корабля, однако джедаю и группе клонов удается спастись в капсуле. На поиски отправляются Энакин Скайуокер и его падаван Асока Тано.
Корабль «Злорадство» продолжает уничтожать республиканские корабли и направляется к медицинской станции Республики. Энакин Скайуокер разрабатывает план по атаке корабля и уничтожению Генерала Гривуса.
Анакину Скайуокерy и его призрачной эскадрильи ценой огромных усилий удается серьезно повредить «Злорадство». На беззащитный крейсер нападает флот Оби-Вана Кеноби, однако благодаря хитрости Дарта Сидиуса генералу Гривусу удается захватить в плен сенатора Падме Амидалу
Группа дроидов-диверсантов атакует базу слежения близ Камино, охраняемую лишь взводом клонов. На базу также направляются коммандор Коди и капитан Рекс с инспекцией. Превосходящие силы дроидов захватывают базу и транслируют сообщение о том, что все нормально. Теперь главная задача клонов — дать Республике знать о готовящемся вторжении на Камино
Флотилия из трех джедайских крейсеров располагается в пространстве внутреннего планетарного кольца, окружающего Ботавуи. Флот Гривуса движется к системе. Поскольку численный перевес на стороне неприятеля, Кеноби советует Энакину отступить. Однако тот наотрез отказывается — когда это Энакин отступал? Он приготовил сюрприз для Гривуса… Но в конце сражения Энакин теряет управление истребителем и теряет R2-D2. После боя Энакин и Асока отправляются на поиски…
Энакин, Асока, отряд клонов и взятый на замену R2-D2 дроид R3-S6 ищут секретный пост прослушивания сепаратистов. Они улавливают сигнал, посланный R2-D2, который и приводит их на пост прослушивания. Начинается спасательная и в то же время диверсионная операция…
Джа Джа бинкс — джедай? Так и подумали дройды сепаратистов, когда увидели его в робе джедая. Падме, 3PO и Джа Джа Бинкс отправляются на далекую планету Родию, к старому другу Амидалы с миссией мира.
Асока и Мастер Джедай Луминара сопровождают Наместника Нута Ганрея на суд. Но они не знают, что Граф Дуку направил своего смертоносного ассасина Асажж Вентресс, чтобы та освободила неймодианца.
Злобный лидер сепаратистов Нут Ганрей сбежал из-под стражи по дороге на Корусант, где ответил бы за военные преступления. С помощью зловещих агентов Графа Дуку, подлый наместник совершил дерзкое бегство. Получив известие о наглом побеге, Магистр джедай Кит Фисто проследил за угнанным кораблём до отдалённой системы, надеясь вновь вернуть Ганрея в руки правосудия.
После долгих и опасных поисков, джедаи, наконец, выследили лидера сепаратистов графа Дуку. Во время героической попытки схватить графа, пропал Энакин Скайуокер. Потеряв связь со Скайукером, Оби-Ван Кеноби направился туда, откуда Энакин связывался с ним в последний раз, на фрегат сепаратистов, одиноко дрейфующего на окраине дальных рубежей.
Дуку держат с целью выкупа. Сбежав от Рыцарей Джедаев — Энакина Скайуокера и Оби-Вана Кеноби, отвратительный Граф Дуку угодил в лапы пиратов, возглавляемых бандитом Хондо Онака. Стремясь заполучить Дуку, Республика согласилась выплатить Хондо огромную сумму в обмен на Лорда Ситхов. Но Энакин и Оби-Ван недооценили вероломное коварство Онаки и его банды. А Онака недооценил Джа Джа…
Армия республики отступает. вызволяя джедая Айла Секура, терпящую поражение в неравном бою, Энакин Скайуокер был серъезно ранен. Героям чудом удалось спастись, совершив аварийную посадку на окраинной планете. Потерпевшим бедствие и не имеющим средств связи с Республикой, джедаям оказывают медицинскую помощь лурмены — миролюбивые обитатели планеты. Асока и Айла должны найти свои ответы на вопросы: Асока — как она понимает философию Джедаев в плане личных привязанностей, а Аайла — являются ли Джедаи хранителями мира?
Даже на мирной планете война настигает джедаев… Сепратисты решили испытать на планете, где потерпели крушение наши герои, новое сверхмощное оружие, воздействующее только на живую материю. Пока джедаи сражаются с новым оружием сепаратистов, мирные лурмены должны решить, придерживаться ли им своих принципов невмешательства в конфликт и умереть, или сражаться вместе с Рексом, Блаем, Энакином, Асокой и Айлой Секурой.
Разгромлен аванпост Республики. Джедаи потеряли связь с силами безопасности клонов, расположенных на суровой заснеженной планете. В сопровождении высокопоставленных лиц с ближайшей луны Панторы, Оби-Ван и Энакин направлются в суровую местность расследовать исчезновение солдат-клонов. Они попадают в гущу нарастающего конфликта между пушистыми обитателями ледяной планеты и гордым и непримиримым председателем луны Панторы… Удастся ли добиться мира?
Планета в осаде. Войска сепаратистов безжалостно разрушают красивую и изысканную планету Кристофсис. Не в силах больше сдержать оборону народ Кристофсиса обратился за помощью к джедаям. В надежде спасти жизни и не допустить дальнейшее разрушение Оби-Ван Кеноби и Энакин Скайуокер придумали план, как переломить ситуацию в борьбе за эту ключевую систему. Однако, план раскрыт, а на джедаев устроена засада. Откуда сепаратисты знают каждый шаг клонов? Неужели среди своих есть предатель?
Боевые дроиды на Набу. Мятежные сепаратисты свирепствуют в Галактике, и угрожают даже мирным планетам. После обнаружения в полях Набу дроидов сепаратистов, планета вновь в повышенной боеготовности. Опасаясь нового вторжения на свою родину. Сенатор Амидала и делегат Бинкс спешат на Набу для оценки ситуации. Но вскоре окажется, что близ болот гунганов скрыта ещё более серьёзная угроза.
Джедаи и их доблестные клоны сорвали хитрый план сепаратистов по размещению бомб со смертельным вирусом «Синий Призрак» в важных системах Республики. Оби-Ван Кеноби и Энакин Скайуокер пленили подлого ученого доктора Нуво Винди не дав воплотить его гнусную затею.
Вторжение на планету Рилот! Из-за блокады флота сепаратистов и жестокой оккупации дроидов народ Рилота голодает. Злобный лидер сепаратистов Ват Тамбор правит железной рукой. В ответ на запрос сената Великая Армия Республики готовит наступление, чтобы освободить систему. Энакин Скайуокер и его падаван Асока готовят плацдарм для наземного вторжения Оби-вана.
Вторжение! Лидер сепаратистов Ват Тамбор взял под контроль планету Рилот и порабощает население. Смелой и неожиданной атакой джедай Энакин Скайуокер и его падаван Асока Тано сокрушили космическую блокаду ограждавшую планету. Генералы-джедаи Мэйс Винду и Оби-Ван Кеноби ведут крупномасштабное вторжение с целью освободить голодающие население.
Победа в руках Республики. Солдаты-клоны под командованием джедаев успешно вторглись в оккупированный сепаратистами мир — Рилот. Энакин Скайуокер сражается с врагами в небе, пока Оби-Ван Кеноби освобождает население из тисков подлого лидера сепаратистов Ват Тамбора. Генерал-джедай Мэйс Винду возглавляет атаку в финальной операции по освобождению столицы Лесу.
Возникла угроза! Несмотря на победы на Внешних рубежах, в самом сердце Республики зреет преступный заговор. Охотник за головами Кад Бэйн собрал самых опасных преступников Галактики и планирует дерзкий захват членов Сената. Но ради чего совершается этот подлый поступок?